고품질의 페어드 엔드 샷건 리드를 MetaPhlAn2[ 22 ]에 입력하여 다양한 샘플 사이트의 미생물 군집을 분석했습니다. 민감도 옵션이 활성화된 Bowtie2를 사용하여 MetaPhlAn 마커 유전자 데이터베이스(mpa_v30_CHOCOPhlAn_201901-16052021)를 매핑했습니다. 마커 풍부도를 클레이드 풍부도로 변환하기 위한 통계적 방법으로 길이 정규화된 마커 카운트의 윈저화 평균을 사용했습니다. 모든 상대 풍부도(RA) 데이터는 Merge MetaPhlAn 풍부도 테이블[ 22 ]을 사용하여 병합했습니다. 또한, Ace(총 종 수, 종 풍부도 측정), Chao 1(종 풍부도 측정), Shannon(종 풍부도 및 균등도 측정), Simpson(종 우점도 및 다양성 측정) 지수를 포함한 과 분류학적 수준의 알파 다양성을 MicrobiomeAnalyst[ 23 ]를 사용하여 계산하고 그래프로 시각화했습니다. 또한 MicrobiomeAnalyst 도구를 사용하여 NMDS 순서도와 Bray-Curtis 거리를 이용한 과(family) 분류 수준에서의 베타 다양성을 측정하고, PERMANOVA 통계 분석을 통해 네 곳의 샘플 위치 간 미생물 구성 유사성의 통계적 차이를 확인했습니다.
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